清、俄、日联军司令部宣布在上海成立，袁世凯任司令长官，格罗杰科、山县有朋任副司令。
刚刚当上联军司令长官的袁世凯就发现了一个异常情况：日本联合舰队第一舰队司令坪井航三率领的四条军舰，在完成护送运兵船的任务后并没有回国，而是在吴淞口驻扎了下来，还经常派兵到江面上巡逻。为了弄清楚这到底是怎么回事，袁世凯约见山县有朋，问道：“山县将军！贵国向我国递交的文件里没有说要派海军来我国，为什么你们日本国的军舰会在我们的海域？”
山县有朋说：“袁将军！我们日本国的军舰是暂时停留在这里，有什么问题吗？”
袁世凯说：“你们的军舰来这里，与签署的文件上写的不一样，等于没有经过我们国家的允许擅自进入我国的海域，请山县将军解释一下！”
山县有朋回答：“袁将军！贵国最精锐的海军北洋水师已经归顺唐军，每天都在长江里游弋，而贵国的南洋水师实力远不及北洋水师，根本无法为我国的运兵船提供有效保护，所以日本国派军舰对运兵船进行保护才来这里的，请你谅解！”
袁世凯不高兴的质问：“你们派军舰保护运兵船无可厚非，但现在贵军已经全部登陆，护航的任务已经完成，贵军的舰船为何没有离开？”
山县有朋仍然和颜悦色的回答：“天皇陛下考虑到贵国海军实力较弱，无法与唐军抗衡，故任命联合舰队第一舰队司令坪井航三为援华派遣军副司令，率领吉野、浪速、秋津洲、高千穗四艘战舰加入援华派遣军作战序列，以加强联军的水面作战力量，此四舰在大东沟海战中作战勇敢，功勋卓著，此次再来贵国，必能大败唐军于长江之中。”
袁世凯听到山县有朋提到了让北洋水师损失惨重的大东沟海战，更为不悦，说道：“这就是你们日本国言而无信的借口吗？”
山县有朋仍然笑嘻嘻的说：“袁将军！我们日本国历来信守承诺，如果将军不希望日本国军舰来帮助，我可以让他们退到外海去，或者让他们回国，将军想怎么办？”
袁世凯想了想，如果日本军舰参加助战，可以增加胜利的可能，虽然协议上没有，既然来了，就默许他们加入到日本援华军里，于是提醒说：“山县将军，恕我直言，唐峰的政府和德国人建交，而且唐军擅长在战斗中发挥火力优势，舰队的炮弹肯定很充足，当年的北洋水师不能与今日的唐军舰队相提并论。更重要的是唐军有一种会飞的怪异武器可以从天上发射炸弹，贵军军舰要多加小心啊！”
山县有朋发现袁世凯态度缓和了，知道他已经默许日本军舰进入中国了，心里暗暗高兴，说：“袁将军！日本军队包括军舰随时听从你的调遣！”
山县有朋走后，袁世凯派人叫来南洋水师提督李成谋和陆军将领段祺瑞，命令他们秘密派出军队向日本军队的驻地布置警戒，一旦发现异常情况立即报告。
三国联军在既合作又互有提防的情况下，准备迎击雷霆纵队的进攻。两天后，联军内部又发生了一件让袁世凯头疼的事情，事情的原委是这样的，几个日本兵到乡间游荡，抢走了村民家里的鸡鸭，一个村民上前阻拦竟被他们开枪打死，日本兵还到村民家里强奸一个姑娘，日本兵走后，姑娘含恨自杀。日本人的行径激起民愤，村民抬着尸体进城去找袁世凯告状，喊着：“杀人偿命，日本兵滚出中国去！”。
村民们来到联军司令部门前停了下来，继续高呼口号。卫兵见状赶紧上前询问情况，村民们讲述了事情的经过，求见袁世凯。袁世凯收到报告后，亲自出来安抚民众。他说道：“乡亲们，你们的心情我能够理解，给我三天时间，你们先回去，袁某一定给大家一个交代。”
告状的村民走后，袁世凯立即派人请来山县有朋，给他讲了事情的经过，然后生气的问道：“山县将军，你给我讲清楚这到底是怎么回事？”
山县有朋回答：“袁将军，这件事我也是刚刚知道，这件事情我查清楚了，是第一联队的五个士兵干的，应该给予处罚，我把他们带来了，司令长官看怎么处罚他们！”
袁世凯说道：“来人，把这几个胡作非为的日本兵拖出去杀了！”一声令下，几个清军士兵冲过去，抓住几名日军往外拖，日本兵“哇哇”直叫，不知道说的什么？
山县有朋见状看着袁世凯说道：“将军且慢！”
袁世凯疑惑的问道：“山县将军你说让我处罚，按我国军法，违反军纪者就地正法理所当然，山县将军为何阻拦？”
山县有朋说道：“袁将军！我军劳师远征，帮助贵国平定叛乱，现在还未开战，袁将军就下令处决我的士兵，唯恐军心动摇，不利于联军的团结，对下一步迎击唐军的作战也没有好处，请将军阁下网开一面，放他们一条生路，让他们在战场上戴罪立功来抵消惩罚，不是更好吗？”
袁世凯本想执法如山，处决胡作非为的日军，以防日军日后再惹祸。但转念一想，在国家发生叛乱的时候，日本派兵相助，现在还未开战就和日军闹得很僵，一旦唐军得到消息，很有可能趁虚而入。就问道：“违法犯罪一定要处罚，山县将军打算怎么处罚才能平民愤？”
山县有朋答：“只要不杀，任凭袁将军处置！”
袁世凯说：“先押起来，等村民来了，当着他们的面，每人打四十军棍，以示惩戒！”
告状的村民们按约定时间，来到联军司令部门前，袁世凯下令将五个胡作非为的日军士兵拖出来，让他们跪在地上，当着村民们的面重打四十军棍，但村民们认为袁世凯袒护日军，要求处决杀人凶手，袁世凯解释了半天，村民们还是要求杀人偿命。