朝会结束后，光绪帝回到书房，这时一个太监向他通报说：“陛下！李中堂大人（李鸿章）在外面侯旨见驾！”
光绪帝回答：“请他进来吧！”李鸿章在太监地搀扶下走进朝房行礼之后，光绪帝说：“给李爱卿看座！”
李鸿章说：“皇上！老臣有几句话，可能触怒龙颜，不知当讲不当讲？”
光绪帝说：“朕恕你无罪，有话但说无妨！”
李鸿章说：“皇上！依老臣之见，与日本合作之事，还须三思而后行啊！”
光绪帝皱着眉头不悦的看着李鸿章，说：“朝会上大臣们都说过了，你怎么回事啊？”
李鸿章说：“为了大清国，我思来想去，总觉得与日本国合作不妥。因为日本人早在明朝万历二十年（1592年）就以朝鲜拒绝与其合作为由，发兵进攻朝鲜，六年之后在明朝军队和朝鲜军队的联手抗击之下宣告失败。同治十三年（1874年）日本陆军中将西乡从道率领三千士兵，以护侨为名，进攻台湾，当时同治皇帝委任老臣为钦差大臣，负责与日方谈判，最后此事以大清赔款日本五十万两白银而宣告结束。光绪二十年（1894年），日军以护侨为名出兵朝鲜，进而入侵我国，如果不是唐峰率军增兵旅顺，我军很难取胜。综上所述，日军多次进攻我国，意在占据我清国土地，夺取资源，通过条约获得特权。所以这次他们提出主动出兵帮助我国平定叛乱，实为黄鼠狼给鸡拜年，没安好心。老臣所说皆肺腑之言，望陛下三思啊！”
光绪帝听后说：“爱卿可能有些杞人忧天了，不过你放心，朕会慎重考虑你的意见，你先回去吧！”
李鸿章说：“老臣告退！”
看着李鸿章苍老的背影，皇上点点头，自言自语的说：“忠心耿耿的老臣啊！”
李鸿章的话让光绪帝脑海里久久不能平静，觉得在这个事情上进退两难，让日本人来帮助平叛唐峰的部队，可能造成引狼入室。不让日本人来帮助，清国可能被唐峰的雷霆纵队推翻，总而言之，不管怎么着，几百年的大清国，都可能要不保了！”
皇上派人把负责对日谈判的恭亲王奕?叫到书房，对他说：“皇叔！李中堂刚刚分析说，日本人此举是黄鼠狼给鸡拜年，没安好心。所以你在谈判的时候，必须提出以下两个条件：一是日本援华派遣军总兵力不得超过三万人；2二在我们要求他们撤出的时候，日本援华派遣军必须无条件撤出我国。避免落下卖国投敌的骂名!”
恭亲王回答：“陛下放心，臣一定照办!”
恭亲王奕?以钦差大臣的身份约见日方谈判代表，正式开始谈判。经过三轮谈判，双方达成协议：1.大清帝国允许日本援华派遣军入境与叛军作战;2.日军总兵力不得超过三万人;3.日军的一切军需由日本国负责;4.两军在合作过程中保持相对独立的的状态，战斗中情报共享，互相支援;5.平叛结束后，日军必须无条件撤出清国。
协议达成后交给光绪帝过目，光绪帝在协议上加盖玉玺，批准了这份协议。
就在同一天，日本明治天皇也在东京召开御前会议，批准了这份协议，两国正式开始合作。
几天后，日本援华派遣军司令长官山县有朋和参谋长水木长田来到金陵，山平修德约见恭亲王奕?，请求皇帝召见山县有朋和水木长田。恭亲王报告皇帝得到批准。
山县有朋和水木长田在山平修德陪同下来到两江总督府大门外，一个卫兵来到山县有朋面前：“将军阁下！请下马，交出武器！”山平修德把卫兵的话翻译成日语，山县有朋听后翻身下马，交出了自己的配枪和军刀，水木长田也交出了武器，他们在卫兵的带领下向大堂走去。