在法律交锋的背后，双方仍旧在积极寻求和解的契机。
早在开庭前，南监理会董事会开会一致认为：不愿据律过于吹求，宁可舍弃地产权利，我们毕竟是在他人地盘，惹起湖民之恶感，对我也不利，再者，拖得时间越久，对我损失也越大”。这也奠定了日后和解的契机。
在庭前聆讯中，原告刘安江表示：不是揪住不放，可以达成一个适当的协议，以平息湖州人民日渐累积的怒火，毕竟教会医院该当地人们带来益处，走法律程序，毕竟会两败俱伤，何必？只是教会个别人把自己的利益看得太重而已。
其实从许鼎霖与潘慎文议定合同起，到蓝华德合同签订时，教会内一直有着和解的声音，唯一不能绕过的，只是湖州购地的当事人韩明德等。
休庭后，被告方即提出愿意和解结案。经过数日艰难的谈判，双方终于达成和解协议，由林文德当庭宣读，双方也希望法庭将该协议以判决书的形式发布。
协议规定：在蓝华德合同划界基础上，湖绅需将东面围墙附近的一块地划还给教会，此外基本依照蓝华德合同所定界限转还土地，但需将地契交转交士绅而非官府；公地因无地契，可免还地契；教会应当在判决五个月之内将应归还土地上的建筑物拆除，由湖绅再额外支付1500元，作为赎回土地和教会拆除医院、修整土地之费用；此外，士绅还承诺，愿意在土地转换、盖印等事务上帮助教会。
林文德指出：这一协议，事实上与被告不久前所抵制的蓝华德合同差异不大，因此关键并不在于还地亩数的多寡和退还金额的高低，而是关乎于教会的声誉。
在韩明德看来：蓝华德合同只是成全了蓝、柏二人的好名声，但却损害了教会的声誉。
协议书之首段阐述了湖州教案的来龙去脉，着重解释教会在此过程中并非恶意侵占，而是基于合法程序获得的土地，只是不了解该土地属于孔庙庙产的情形。
协议也未再详细追究占地亩数和谁是谁非的问题，民教双方总算是达成了和解与共识，为这桩长达6年之久的争执画上了句号。10月30日，法官再次开庭，将和解协议以判决书的形式正式发布，就此定谳。
在湖州绅民的强烈要求下，浙江巡抚增韫奏请朝廷，将涉案之官员原归安县知县朱懋清、丁燮和归安县典使史悠斌、千总柳寿春四人革职惩处。
经沈家本奏请，湖案有功之士绅刘安江等亦受到奖叙。湖案的审判对时人影响甚大，京沪粤各大报纸持续关注，不时发布相关消息。上海审判之日，又有数百名中国教徒出席旁听。及至双方议结，教会还地拆屋，对教民的震撼尤其强烈，有人哗然曰：“自有教案以来未有如此奇辱者”。
林文德当场讥讽道：中国人于百年荒地平时绝不顾问，外人偶一经营，则群起而争之。而得之复漠然听其荒芜，比比然也。