元始天尊惩罚了违背天道的多宝道人，随之绝仙阵也就覆灭了，多宝道人邪恶之体均已被元始天尊所诛杀，灵魂得到烈火的焚烧已洁净升华，最终魂归封神榜，等待姜尚伐商兴周之大业完成后，封神台上封禅诸位新天神，以正乾坤。元始天尊这时动用意念察觉而出，阐截两教之劫数固然如期而至，起因乃是阐教叛徒申公豹，元始天尊对弟子姜尚言道：“姜尚听命，本尊命你到三十六重天之兜率宫。将你师叔道德天尊请到此处，两教有此一劫只有道德师弟能化解此劫。”
这时阐教叛徒申公豹从绝仙阵逃出之后，立刻前往碧游宫通天教主之住处，申公豹不顾颜面直往里闯，申公豹边闯边叫苦言道：“通天师叔，您要为多宝师兄报仇雪恨。”通天教主对申公豹言道：“申公豹，多宝有此一劫。本尊奉劝于尔，就此收手且莫再违背天道。而赴了多宝之后尘，以周代商乃天意所为。”申公豹听得此言，便开始了一番颠倒乾坤之言语，申公豹对通天师叔言道：“师叔啊，您可知修道之人是怎么评价截教中人欤？”通天教主一语不发就想听听申公豹如何编排与挑拨两教关系的，通天教主对申公豹言道：“师侄不急，坐下慢慢对本尊言之。”申公豹见得师叔如此待他，于是就放心来坐下开始颠倒乾坤了。
申公豹对通天师叔就畅所欲言道：“通天师叔，那些修道之人说截教就是......。”通天教主言道：“师侄，本尊今恕你无罪。”申公豹继续言道：“截教就是畜生之道，就算修到高处却还是畜生。”通天教主听得此言，发出雷霆之怒。通天教主震怒的对申公豹言道：“大胆申公豹，竟然在本尊面前侮辱本教。看来师兄元始天尊做的对，像尔等这般叛徒且死有余辜。申公豹休得逃走，本尊要为阐截两教清理门户。”申公豹听得此言之后，于是立刻向通天教主继续颠倒是非。
申公豹再次对通天教主言道：“通天师叔，弟子怎敢对师叔您不敬。此类侮辱截教之言，实乃出自我师父元始天尊之口。弟子若有半点虚言，请师叔严惩。”通天教主见得申公豹神情严谨毫无虚言之状，就收起诛仙剑再次让申公豹坐下言谈，通天教主对申公豹言道：“申公豹，尔今被师兄元始逐出师门。拜本尊为师，可愿于否。”申公豹听得此言甚为欣喜，立刻跪地就拜，申公豹向师尊通天教主言道：“通天师尊在上，受弟子申公豹一拜！”通天对申公豹言道：“申公豹，事不宜迟。即刻随为师修炼诛仙阵，待此阵法修炼完毕之时，乃阐教众仙阵亡之日。”
通天教主领着申公豹就进入关内进行修炼，分别有三位师兄在修炼其他三阵：暗渊道人坐镇诛仙阵、金光道人坐镇戮仙阵、龟灵道人坐镇陷仙阵、申公豹坐镇绝仙阵，四阵法宝分别是：离火诛仙剑、泽兑戮仙剑、水坎陷仙剑、雷震绝仙剑。之前多宝道人布下的绝仙阵乃是小试牛刀，这次乃是通天教主亲自坐镇的诛灭万仙阵，通天教主受了申公豹的蛊惑，摆出了天下至恶之阵法，想与两位师兄在此阵法上一决高下，并且还收下了阐教叛徒申公豹，以此挑战元始之底线。
自上次多宝道人被元始天尊所诛杀之后，元始天尊启用慧灵观察三界发现阐截两教劫数难逃，就命杨戬去找道德天尊前来化解此劫数，杨戬到了三十六重天的兜率宫时，正逢道德天尊在与灵宝、准古两大天尊在商讨此事，杨戬在兜率宫外等了好一阵，道德天尊、灵宝天尊与准提天尊，三圣随杨戬步入凡尘拯救黎民。杨戬将三圣请到西岐与师祖元始天尊汇合，女娲圣尊则在西岐帮杨婵提升宝莲灯的最高法术，因为此战之决胜全靠宝莲灯与无字天书之力量来把握全场了，女娲圣尊也将卷入此次封神之决战，元始天尊命令传下，令十二金仙下山助战，届时广成子、赤精子、黄龙真人、惧留孙、太乙真人等十二位金仙下山铲除诛仙。
结合这十二金仙之力，此次诛仙之战均有二十四名金圣之仙，十二金仙与其弟子，而且还有四方修道之正人君子，元始天尊率领着杨戬、杨婵、武吉、崇黑虎、姜文焕、南宫婉儿这六位将领和四百五十名梅山道人攻向诛仙阵。道德天尊率领姜尚、李靖、金吒、木吒、哪吒、杨蛟六员神将共同攻入戮仙阵，灵宝天尊联合准古天尊率领广成子、赤精子、黄龙真人、惧留孙、太乙真人、灵宝道君、广法天尊、普贤真人、慈航道人、玉鼎真人、道行天尊、清虚道德真君一举攻向陷仙阵和绝仙阵，四大天尊率领二十四仙圣共同对付通天所设之诛灭万仙阵。
元始天尊率领杨戬、杨婵等六员神将攻入暗渊道人把守的诛仙阵，到了诛仙阵用眼望去只见门前悬挂着一鐏非铜非铁亦非钢之神剑，元始天尊见得此神剑直言道：“杨戬，尔等要慎之又慎。”杨戬反问元始师祖言道：“师祖，为何却这般惧怕？”元始天尊回杨戬言道：“杨戬有所不知，尔可听言之。非铜非铁亦非钢，须弥山下万年藏。乾坤颠倒阴阳炼，无泽烽火铸锋芒？利诛仙，仙戮亡，四方陷仙起赤光。无穷变化绝仙妙，远古金仙血染裳。”杨戬等六员神将听得元始师祖如此描述诛灭万仙阵，觉得此番封神决战真乃史无前例之战，自告奋勇之。
首先由四大天尊到诛灭万仙阵一探虚实，元始天尊来到了暗渊道人持守的诛仙阵，暗渊道人向元始师伯言道：“元始师伯，今如能破得此阵，吾将退之。若无法破得此阵，那就勿怪师侄冒犯于您，定削去师伯与尔等之顶上三花。”杨戬向暗渊道人狂怒言道：“暗渊老贼，切莫狂言欲出。可还记得吾之杨戬，尔等曾是吾手下败将。如今得了通天师叔祖之真传，不曾劝阻通天师叔祖，反而纵涌师叔祖与天道相背驰。暗渊老贼，休走，吃某一戟。”杨戬言罢，就陷入了战斗。
此暗渊并非彼暗渊，暗渊道人还在阵前道台之上坐着呢，与杨戬开战之暗渊乃是暗渊之灵，元始天尊命杨婵言道：“杨婵，快拿出宝莲灯，使用圣灯之光，清除杨戬邪恶之念。若不及时清除，则后患无穷。”杨婵立刻拿出宝莲灯，使用七彩圣光消除了杨戬的邪恶之念，等杨戬清醒之后才发现，差点将自己战死。暗渊道人运用的是邪恶之渊道法，开启神人之间的邪恶之渊，使开启之人自我消亡。元始天尊对杨戬言道：“杨戬，可还记得玉鼎，对你之教诲否？”杨戬此时双目紧闭盘膝而坐，启用内心深处之灵宙在领悟道语，此时只见杨戬之天眼发出了道道金光，杨戬领悟了玉鼎真人之道，功力增长了数万倍，能匹敌此阵之力量。
道德天尊降临在金光道人持守之戮仙阵，金光道人向道德师伯言道：“道德师伯，吾之金光奉劝于您。此战乃是我截教与元始师伯之阐教之战，与道德师伯毫无相干，望师伯切勿参与此战之中。若要一意孤行，三教来一场万仙之战。”道德天尊震怒言道：“金光师侄，本尊乃尔等师伯。竟如此高傲，待本尊收了尔等！再找通天师弟比试较量，尔等休走，看道德八卦镜。”待道德天尊请出法宝之时，通天教主亲临万仙阵，通天教主向道德天尊言道：“师兄且慢，饶之性命。”
道德天尊看到师弟通天教主为此求情之薄面，方才饶了金光道人一命，通天教主训斥弟子金光言道：“大胆狂徒，竟敢对尔等师伯不敬。在尔等眼中可还有师尊否？”通天教主立刻对道德师兄言道：“道德师兄，师弟我并非想干预封神之战，只是元始天尊门下弟子欺人太甚。曾多次杀戮截教中人，望师兄做主。”道德天尊对通天教主言道：“通天师弟，难道忘了鸿钧师尊之封神榜？榜上之神位有人、阐、截三教之灵，签订封神榜之时通天师弟看得明白，如今怎会阻挡封神之战？难道是想要毁了封神之约否，莫非是想使乾坤无主万物涂炭。”道德天尊言罢，通天教主神威震怒的言道：“道德天尊，休多言之，请诸位师兄破阵。”
道德天尊见通天教主心意已决，定要阻挠伐商封神大业，道德天尊对通天教主言道：“通天师弟，如此违抗鸿钧师尊之命，难道就对师尊之言如此轻视否？既然师弟想要一决高下，我与元始师兄和灵宝师弟就陪通天你角逐高低。”道德天尊言罢，通天教主就即刻入阵主持阵法与三位师兄生死角逐，届时元始天尊率领另外三位天尊出得诛仙阵，元始和道德天尊出阵之时还各带了两名金仙弟子，元始天尊所带之金仙乃是南极仙翁与广成子，道德天尊同样带了两名阐教弟子，两位金仙则为太乙真人和玉鼎真人，于是元始天尊即刻传下道令，准备开战。
元始天尊命令南极仙翁率领杨戬攻打诛仙阵，摘下诛仙剑逼走暗渊道人，第二道天尊令，命广成子率领哪吒攻破戮仙阵，摘下戮仙剑逼走金光道人，第三道天尊令，命太乙真人率领土行孙破除陷仙阵，摘掉陷仙剑逼走龟灵道人，最后则是天尊诛杀令，命玉鼎真人率领紫薇星君攻破绝仙阵，摘下绝仙剑诛杀申公豹。四大金仙领命而去，此时邓婵玉要随丈夫土行孙共同入阵慷慨赴死，杨婵要跟随兄长杨戬一同破除万仙阵，李靖父子要随哪吒共同入阵，元始天尊对弟子们言道：“万人连心，诛灭此阵。兴周灭纣，封禅诸神。”天尊言罢，众位弟子同破此阵。
南极仙翁率领杨戬和杨婵攻入诛仙阵，杨戬手持三首神戟，杨婵手持宝莲灯，兄妹二人一起攻入了诛仙阵，暗渊道人就立刻使用诛仙剑之光刺向破阵之人，诛仙剑发出的光能削去修道之人的顶上三花，还好杨婵手持宝莲灯护住兄长。杨戬这时到悬挂诛仙剑之处，挥动三首神戟一举将诛仙剑挑下，杨戬将诛仙剑持在手中对暗渊道人言道：“暗渊老贼，今奉太上元始之命特来破除此阵，如今诛仙剑在吾杨戬手中。太上元始有命在先，某家就放尔一条性命，回山修炼去吧。”
广成子率领哪吒和李靖等人攻进了戮仙阵，金吒木吒两兄弟行事莽撞，不听师伯广成子之命令擅自闯入戮仙阵，金吒双手持遁龙双鞭，木吒手持吴钩剑，擅自闯入戮仙阵与金光道人展开了法术较量，金吒和木吒怎能战胜金光道人，两人法术融合一体也不是金光之敌手，两回合下来，金吒和木吒就已经筋疲力尽了。金光道人趁着金吒木吒喘息不备之时，放出戮仙剑将金吒与木吒斩杀于戮仙阵，此时广成子命令师侄哪吒与李靖父子二人闯入此阵，入阵之后哪吒用眼观望见得两位兄长被斩杀于此，双目中带着怒火来到戮仙剑悬挂之处，手持火尖枪将戮仙剑挑下持在手中，哪吒震怒对金光道人言道：“金光，吾遵元始之命，暂且饶尔。”
太乙真人率领土行孙和邓婵玉攻入了陷仙阵，刚入阵陷仙剑之光就照的土行孙头晕目眩，邓婵玉见到土行孙之元气被陷仙剑所伤，怒气冲冠的就向陷仙剑冲去，想要一举将此剑挑下交予太乙师伯处置，谁料想，剑之光芒直射邓婵玉。邓婵玉被剑之光芒杀害而亡，凡体直接倒入土行孙怀抱之中，土行孙这时愤怒不已手持镔铁棍直接将陷仙剑摘下，就在摘下陷仙剑之后，此剑之道术乃由龟灵道人所执掌，剑锋一转趁土行孙不备就将其杀害，土行孙手持镔铁棍单腿跪地而亡。
太乙真人见得此情圣威震怒，手持阐教至宝混沌乾坤锅，此物可收纳乾坤大地之下任何妖邪，龟灵道人用眼一望只吓得仓皇而逃，可此时逃走为时已晚，太乙真人此时已将混沌乾坤锅投向空中，只见金光一闪就将龟灵道人收进了乾坤锅之中，乾坤锅内含有阴阳之烈火，将龟灵道人的邪恶之躯焚烧殆尽，魂归封神。至于陷仙剑，太乙真人遵师父元始天尊之命将此托管，诛灭万仙阵现已攻破三大阵法，仅剩申公豹与通天教主联合把守的绝仙阵，此时四大真人结合紫薇大帝共同攻入绝仙阵，更有四大天尊与杨戬和杨婵共同破除诛灭万仙阵，逼走通天教主，诛杀阐教叛徒申公豹，前无古人后无来者之封神决战，从此刻起正式拉开了战序。
元始天尊、道德天尊、灵宝天尊与准古天尊对战通天教主，南极仙翁、广成子、太乙真人、玉鼎真人与紫薇大帝共同对战申公豹，杨戬、哪吒、武吉、李靖四人作为战前主先锋，杨戬和哪吒强强联合跟随四天尊与通天教主进行恶战。武吉、李靖、杨婵、姜尚四人联合，跟随四位真人共同将阐教叛徒申公豹铲除之，这场恶战惊动了一位创圣之圣，修道之人的师祖，四位远古天尊之师，鸿钧道祖，此次恶战差点再次引发乾坤毁灭，只因道德天尊使用了虚化三清之道家清虚功。
元始天尊与师弟通天教主言道：“通天师弟，汝与本尊原为同宗，何必在此苦苦争斗？”此时申公豹对元始天尊言道：“元始天尊，尔等与吾之截教有深仇大恨，何言之同宗同族？”申公豹言罢，元始天尊圣威震怒的向申公豹言道：“申公豹，暂且住口，尔乃阐教叛徒。这就让杨戬惩戒了尔等，为阐教清理门户。”申公豹一看元始天尊真的勃然大怒了，于是他暂时闭而不言了，退回阵地布置阵法，要与师父元始天尊一决高下，通天教主则对四大天尊言道：“四位师兄，通天今日要与尔等决出胜负。要让乾坤大道重新定义，孰正孰邪就此战开始重新定局。”通天教主言罢，四大天尊率领诸位仙圣与通天教主展开了上古封神之决战。