虽然已经做好了准备，可是马士英却没有想到，一上来就遇到了阻力。
其实对于拥立新皇登基的问题，在南京的官员几乎都没有任何异议，然而对于拥立何人却是产生了很大的矛盾。
废礼部侍郎钱谦益主张拥立潞王朱常淓，支持这一主张的人也不少，包括南京兵部右侍郎兼礼部事吕大器、右都御史张慎言、詹事掌南京翰林院事姜曰广等人，礼部对于商讨哪个有资格当皇帝本来就拥有天然的优势，再加上那些御史言官、翰林院等机构官员的支持，可以说是声势浩大，气势汹汹。
马士英不慌不忙，提出来应该由福王朱由崧即位，他的理由很简单，福王的父亲老福王朱常洵是光宗朱常洛的亲弟弟，是大行皇帝的亲堂兄，按照血缘亲疏来论，在宗室之中再没有任何人比福王与大行皇帝的血缘更近了，而潞王是神宗的侄子，论血缘要疏远得多了，而且从辈分上来讲，是大行皇帝的叔叔辈，继承皇位也不合适。
可是他的提议却遭到了激烈的反对，钱谦益等人说，福王有七大缺点:贪、淫、酗酒、不孝、虐待下属、不读书、干预官吏。而潞王朱常淓是神宗的侄儿，贤良而且聪明，应当立他为君。
马士英听了这话气的都想吐血，让叔叔继承侄子的位子，这也亏得这帮老家伙能够想得出来，一旦让潞王继承，后面的天启、崇祯两个皇帝该怎么办？以后排位的话是排在他的后面还是前面？虽然大明有叔叔即位的先例，也就是太宗文皇帝朱棣，可最关键的是，人家朱棣压根儿就不承认朱允炆是皇帝，难道这也要学朱棣，一旦潞王即位，就不承认天启和崇祯？
后来一想，马士英才知道，原来钱谦益等人也并不是非要拥立潞王，只要新皇帝不是福王就行，因为他们怕福王在即位之后对“妖书”、“梃击”、“红丸”等事翻案，借此打击报复东林党。
不过马士英也不是一般人，他很快想到了一个主意，立刻联系刘孔照、朱国弼、黄得功、刘泽清等将领，直接带着兵，簇拥着福王前往扬州府仪真县。
仪真是史可法的驻地，他见事情已经成了定局，无可奈何之下只能前去迎接。
这样一来拥立福王的事情就成了板上钉钉的事情了，马士英决定趁热打铁，促成此事，与此同时为了保证凤阳的稳定，抓牢兵权，马士英决定让史可法随着福王前往南京，而他则亲自率军坐镇凤阳。
随后发生的事情就很顺利了，在这中间虽然经过了一些波折与争吵，然而福王监国的事情已经完全定下来了。
然而在讨论内阁人选的时候又发生了一场冲突，史可法等东林党人经过一番商讨，决定推举史可法、高弘图和姜曰广为阁臣。
这一点引起了刘孔照的愤怒，他本来就与马士英父子交好，又深深知道拥立福王的内幕，可以说这几个人都是反对拥立福王的，而促成此事的马士英并不居功，甘愿率兵镇守凤阳，像这样的人反而不能入阁，东林党实在是欺人太甚。
于是刘孔照闯进了大殿，挥舞着拳头抗议，提议让马士英入阁。
史可法本身就有些理亏，而且知道马士英手握重兵，于是提出以马鸣风的老师是复社成员，马士英曾经为张溥千里奔波，这父子两个也勉强算是东林成员，与高弘图和姜曰广简单商议之后，决定允许马士英入阁，拜为东阁大学士兼都察院右都御使，仍然督军凤阳。而史可法则被任命为礼部尚书兼东阁大学士，虽然同为东阁大学士，然而因为史可法同时又是吏部尚书，因此是内阁首辅，地位要高过马士英。