后柏原天皇今年已经四十二岁了，他当了整整二十年的亲王，从十六岁成为亲王起，目睹了父亲作为天皇的处境，他就不断告诉自己，以后绝不做天皇。这个位置真的是熬人啊，没有经济大权也没有朝政大权，想干些什么还要看幕府的脸色，比如说吃好点、穿好点，甚至是娶漂亮点的女子。简单点说，在这个时期，天皇只是个象征性的吉祥物，手中没有任何的权利，受到幕府将军们的保护和支持，如果幕府强大在某些方面上需要利用天皇手中的“神权”时，那么就会对天皇好一点，如果幕府自己本身就出现了问题，风雨飘摇，自身难保的时候，天皇就会“自生自灭”。
后柏原天皇登基的时候，起初幕府还打算在控制的领地内征收特别税款来筹措他登基典礼所需费用。但却发生了若狭守护武田元信、武田元度父子被国人土豪攻杀事件，课税的计划因此搁浅。文龟二年（1502年）九月，管领细川政元又放言：“即位大礼仪式毫无益处，徒费钱孥。”五年后政元被养子细川澄之暗杀，畿内政局之迷乱达到极点，天皇的即位大典也一直无人问津。
天皇做到这个份上还有什么乐趣？后柏原天皇自觉人生了无生趣，转而皈依佛门寻找心灵慰藉，至于那些纷纷扰扰就随他去吧。这一日闲来无事，后柏原天皇又躲在皇宫内的书阁里寻找佛门书籍，但翻到中国明朝历史的时候，后柏原天皇竟然对明朝心生向往。
明朝开国皇帝从一介白丁成为皇帝，打遍周边无敌手，周边所有列国必须向明朝俯首呈贡，就连日本都不例外，后柏原天皇眼里布满羡慕，这才是一个真正的帝皇，像自己这般的哪像是个天皇？活的都不如狗，没有自由不说，连最基本的生存权利也没有。明朝，若是日本能并入明朝多好啊，后柏原天皇脑海突然蹦出一个想法。
为了厘清日本现状，不得不说日本战国时代的历史，这一段历史可谓是剧情狗血，各方大名你方唱罢我方登台，颇有中国春秋的一番景象。在后柏原天皇时代，最有实力的是细川家族，细川家族本来就是有名的望族，当初室町幕府还未形成时，足利家族方兴未艾之时，细川家族就辅佐足利家族打天下。细川家族发迹靠的是细川赖之，他是足利义满的老臣，一生忠心，不计劳苦，为足利义满平定群雄厥功甚伟。所以他的子孙世代都是足利家族的重臣，到细川胜元，几次转任幕府管领之职。
文明五年（1473年），细川胜元暴死，细川政元作为细川胜元的长子，仅仅8岁就继承家督和丹波国、摄津国、土佐国守护之位，可谓是权势滔天，但也因为年幼，细川政元受到家族长老细川政国的辅佐。文明六年（1474年），细川、山名两家在将军足利义尚的调解下议和，“应仁之乱”结束。虽然表面上双方打成了平手，而实际上则是细川家获胜。
文明十年（1478年），细川政元被足利家族任命为管领，但不久后辞职。1489
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年将军足利义尚在讨伐南近江半国守护六角高赖时病死，足利家族由于无子，于是细川政元推举关东堀越公方足利政知之子禅僧香严院清晃（后来的足利义澄）为幕府将军，但在大奥国实权掌握者日野富子（八代将军足利义政正室）和与细川政元交替任管领的畠山政长支持下，足利义视之子足利义材就任室町幕府第十代将军。细川政元对这一结果不满，开始与足利氏幕府拉开距离。
足利义材就任将军后，足利义视和畠山政长的权势大涨，而当初支持足利义视父子的大奥国实权掌握者日野富子被边缘化，日野富子也开始日渐不满，与足利义视渐行渐远。延德3年（1491年）足利义视去世后，畠山政长垄断了幕府的权力。自此开始细川家族与足利氏间隙越来越大，无法弥补，细川政元开始谋划颠覆足利家族。
细川政元首先考虑联合越后国，先是拜访了越后国守护上杉房定，与上杉房定敲定合作事宜后。细川政元原本还想去奥州国，但因为足利义材讨伐六角高赖而放弃。明应二年（1493年），幕府将军足利义材出兵河内国，支持畠山政长讨伐畠山义丰，细川政元趁机联合日野富子、伊势贞宗率军攻入京都，拥立原将军候选人足利义澄为室町幕府第十一代将军，史称“明应之变”。
政变刚开始时属于畠山政长的赤松政则也投向细川政元，孤立无援的畠山政长自杀身亡，拥有巨大权力的畠山家族势力被大大削弱。足利义材也被抓，被幽闭在京都龙安寺。明应三年（1494年），足利义澄还俗，正式就任幕府将军，细川政元就任管领。但足利义澄只是傀儡，实权都握在管领细川政元手中。废立幕府将军在室町幕府中是首次，这之后的足利将军几乎都是毫无实权，徒有虚名。
足利义材在幽禁期间，得知自己将被流放到小豆岛，于是在旁人的帮助下逃离京都，到达畠山政长的领国越中国的放生津，并受到了畠山政长家臣神保长诚的保护，在该地区竖立幕府，称为越中公方，此时足利义材仅仅只是没有实力的亡命者。
明应八年（1499年），足利义材在纪伊、河内、越中守护畠山尚顺（畠山政长之子）的支持下率北陆之兵侵攻近江，比睿山延历寺也暗中支持。细川政元快速地察觉了延历寺的行为，立刻转移行动，命赤泽朝经和波波伯部宗量对延历寺采用了大规模火攻，这次行动把根本中堂、大讲堂、常行堂、法华堂、延命院、四王院、经藏、钟楼等山上的主要伽蓝尽数烧毁。